Являются ли эти формы PDF, которые были заполнены пользователем?Если так, некоторые конвертеры не передают данные формы PDF.PDFTables могут работать - API позволяет конвертировать ваши PDF-файлы в XML, включая любые данные формы.
В качестве примера в Python (может использоваться любой язык):
import pdftables_api
c = pdftables_api.Client('my-api-key')
c.xml('input.pdf', 'output.xml')