Если позиция всегда одна и та же (что кажется вероятным для вашего примера), вы можете сделать:
select concat(left(col, 6), '0', right(col, 5))
Если позиция может варьироваться, это сложнее в старых версиях MySQL.В MySQL 8+ вы можете сделать:
select concat(regexp_substr(col, '[^0-9]+', 1), '0', regexp_substr(col, '[0-9]+$', 1))
from (select 'EELMEX00001' as col) x
Если вы действительно хотите изменить столбец:
update t
set col = concat(left(col, 6), '0', right(col, 5))
where col regexp '^[a-zA-Z]{6}[0-9]{5}$';