Плохая идея смешивать и сопоставлять фреймворки, такие как Wordpress и CodeIgniter. Обязательно будут столкновения переменных и констант; не говоря уже о существенном увеличении ресурсов, необходимых для загрузки страницы.
Если вам ДЕЙСТВИТЕЛЬНО нужно сделать это, вы можете попробовать загрузить настройки CI в отдельный каталог из настроек WP и использовать AHAH или iframe, чтобы перенести все. Конечно, вы не получите преимуществ SEO, но в то же время это, пожалуй, «лучший» путь.
Для записи, ошибка, которую вы получаете от CI, является ошибкой заголовка. По сути, он пытается что-то поместить в ваши куки или записать в заголовки HTTP-запроса, за исключением того, что они уже подписаны, опечатаны и доставлены (отсюда и ошибка). Возможно, если вы отключите сеансы в CI, вам повезет больше. Альтернативой является загрузка файла index.php для WP и установка большого
ob_start();
в самом начале.