Вы можете добавить отдельный регистратор для каждого раздела вашего приложения, в которое вы хотите войти, а затем отключить и включить его по мере необходимости. Все они будут независимы друг от друга, и все это можно настроить через конфигурацию.
Если для свойства additivity установлено значение false, все регистраторы будут независимы друг от друга. Вот пример части конфигурации:
<logger name="Logger1" additivity="false">
<level value="INFO" />
<appender-ref ref="Logger1File" />
</logger>
Чтобы использовать его в своем коде, используйте ссылку так:
private static ILog _Logger1= LogManager.GetLogger("Logger1");
Все, что вы регистрируете в Logger1, будет отделено от любого другого регистратора, включая корневой.