Как измерить system.time для многих функций - PullRequest
Новая
       9

Как измерить system.time для многих функций

0 голосов
/ 29 марта 2019

Если у меня большой диапазон различных функций, и я не знаю, кто отвечает за длительное время обработки, как можно было бы измерить, как долго работает каждая функция? `

Например, помощь в агрегате (пакет sf) требует большого количества вычислений. Я мог бы просто написать system.time () перед каждым, но было бы неплохо, если бы был более разумный способ, например, если бы я мог получить system.time для строки или что-то подобное. 

m1 = cbind(c(0, 0, 1, 0), c(0, 1, 1, 0))
m2 = cbind(c(0, 1, 1, 0), c(0, 0, 1, 0))
pol = st_sfc(st_polygon(list(m1)), st_polygon(list(m2)))
set.seed(1985)
d = data.frame(matrix(runif(15), ncol = 3))
p = st_as_sf(x = d, coords = 1:2)
plot(pol)
plot(p, add = TRUE)
(p_ag1 = aggregate(p, pol, mean))
plot(p_ag1) # geometry same as pol
# works when x overlaps multiple objects in 'by':
p_buff = st_buffer(p, 0.2)
plot(p_buff, add = TRUE)
(p_ag2 = aggregate(p_buff, pol, mean)) # increased mean of second
# with non-matching features
m3 = cbind(c(0, 0, -0.1, 0), c(0, 0.1, 0.1, 0))
pol = st_sfc(st_polygon(list(m3)), st_polygon(list(m1)), st_polygon(list(m2)))
(p_ag3 = aggregate(p, pol, mean))
plot(p_ag3)
# In case we need to pass an argument to the join function:
(p_ag4 = aggregate(p, pol, mean, 
     join = function(x, y) st_is_within_distance(x, y, dist = 0.3)))

1 Ответ

1 голос
/ 29 марта 2019

Эта функция будет запускать каждую строку кода отдельно и возвращать sys.time, если вы передадите ей строку c / p своего кода 

sys.time.perrow <- function(str)
{
list <- strsplit(str,"\n")[[1]]
times <- sapply(list,function(line)
  {
  time <- system.time(eval(parse(text=line)))
  return(time)
},simplify=F,USE.NAMES = T)
return(times)
}

Обратите внимание: многострочные аргументы нарушат этот код. Мне бы пришлось подумать о чем-то более сложном для этого.

...