Я использовал STM32Cube для stm32f103 и установил как ваш конфиг, и он работал правильно, нет необходимости самостоятельно настраивать прерывание с помощью ручки, вы отлаживали свой код?если эти строки встречаются
HAL_SYSTICK_Config(HAL_RCC_GetHCLKFreq()/1000U);
HAL_NVIC_SetPriority(SysTick_IRQn, TickPriority ,0U);
, то ваша помада должна начинаться с тактовой частоты 1 мс, этот код находится в HAL_InitTick(TICK_INT_PRIORITY);
и вызывается по HAL_Init();