Как извлечь таблицу данных из файла .CEL на Python?

Question

У меня есть файл .CEL, загруженный с www.ncbi.nlm.nih.gov / sites / GDSbrowser . Необходимо извлечь массив данных из файла. Я импортировал CelFile из библиотеки Bio.Affy:

with open('Myfile.CEL') as f:
    c = CelFile.read(f)
    print(c)

Это не показывает какой-либо набор данных! Любая идея о том, как использовать CelFile? Спасибо.

Answer 1

Метод read () возвращает объект записи (это c в вашем примере).Этот объект имеет несколько массивов, таких как интенсивность, stdevs, npix и т. Д., Они вам нужны.

Здесь вы найдете несколько примеров, как его использовать:

https://biopython.org/DIST/docs/api/Bio.Affy.CelFile.Record-class.html

Иногдафункция help () может дать вам достаточно информации о том, как использовать класс, функцию и т. д.