С макушки головы, для струн 25-й базы.
Integer.toString(Integer.valueof(base25str, 25), 2)
Из вашего вопроса немного неясно, говорите ли вы о фактических 0-9-Z базах или о кодировке чисел с произвольным списком символов. Я предполагаю первое, если позднее, вам не повезло на встроенных модулях.