Вот мой xml-файл для WiX https://github.com/Vaei/ue4cleaner/blob/master/UE4Cleaner/UE4CleanerInstaller.xml
Ключи реестра устанавливаются и все прекрасно работает до перезагрузки компьютера, затем они удаляются.Если я сделаю плохое отключение (удерживайте кнопку питания или нажмите кнопку сброса на корпусе), оно останется.
Сценарий грязного завершения работы подсказывает мне, что у вас есть несколько запущенных процессов, которые удаляют данные реестра, когда Windows сообщает им о завершении работы. Я не думаю, что это вообще проблема с установщиком.