У меня есть плагины для отступа файлов HTML и JavaScript. Чтобы сделать отступ для JavaScript внутри HTML, я временно изменяю тип файла, выбираю и делаю отступ для строк, а затем снова изменяю тип файла.
:filetype javascript
(select lines)
=
:filetype html
Это немного утомительно, но всегда дает ожидаемые результаты.