Ссылка на местоположение файла по относительным путям должна работать - вам просто нужно быть уверенным, что вы перемещаетесь ИЗ нужной папки в нужную папку.
Это может быть немного сложно, если ваш файл javascript находится в другой папке - , если память служит , вы должны переходить из папки, содержащей файл javascript, а не из папки, содержащей индексный файл.
Кроме того, вы можете использовать FQDM http://example.com/folder/folder/file.php
для ссылки на файл.Обратите внимание, что если вы используете localhost, вы можете использовать файл hosts для подделки веб-сервера.