Я думаю, что возможно с использованием javascript (хотя, может быть, и не рекомендуется, конечно). Эта статья:
https://developer.mozilla.org/En/Using_XMLHttpRequest#Handling_binary_data
... обсуждается, как получить доступ к файлам в виде двоичных данных, и как только у вас есть аудиофайл в виде двоичных данных, вы можете делать с ним все, что захотите (я думаю, в любом случае - я не очень силен в JavaScript). Для аудиофайлов в формате WAV это будет тривиальным упражнением, поскольку данные уже организованы по выборкам во временной области. С аудиофайлами в сжатом формате (например, MP3) преобразование сжатых данных обратно в сэмплы во временной области было бы настолько безумно трудным сделать в javascript, что я нашел бы религию вокруг вас, если бы вам удалось это сделать успешно.
Обновление : после прочтения вашего вопроса я понял, что на самом деле можно сделать то, что вы обсуждаете в javascript, даже если файлы в формате MP3, а не в формате WAV. Как я понимаю ваш вопрос, вы на самом деле просто пытаетесь найти точки молчания в аудиопотоке, в отличие от фактического удаления тихих участков.
Чтобы найти тихие отрезки, вам необязательно преобразовывать данные в частотной области файла MP3 обратно во временную область файла WAV. Фактически, определение тихих участков звука может быть действительно более надежно выполнено в частотной области, чем во временной. Тихие участки, как правило, имеют отчетливо плоский график частотных характеристик, тогда как во временной области амплитуды пиков слышимой речи иногда не намного превышают пики фонового шума, особенно если происходит автоматическое выравнивание.
Анализ файла MP3 в javascript был бы значительно проще, если бы файл представлял собой CBR (постоянную скорость передачи данных) вместо VBR (переменную скорость передачи данных).