Вы хотели бы изменить строку форматирования на '%Y-%m-%dT%H:%M:%S.%f%z
In [25]: datetime.strptime('2019-06-01T23:07:02.000+0000','%Y-%m-%dT%H:%M:%S.%f%z')
Out[25]: datetime.datetime(2019, 6, 1, 23, 7, 2, tzinfo=datetime.timezone.utc)
Или вы можете использовать datetutil.parser для того же самого, что не требует от вас предоставлениястрока формата
'2019-06-01T23:07:02.000+0000'
ModuleNotFoundError Traceback (most recent call last)
<ipython-input-1-d8d1b2eea17c> in <module>
----> 1 from datetutil import parser
ModuleNotFoundError: No module named 'datetutil'
In [2]: from dateutil import parser
In [4]: parser.parse('2019-06-01T23:07:02.000+0000')
Out[4]: datetime.datetime(2019, 6, 1, 23, 7, 2, tzinfo=tzutc())