Звучит так, как будто вы что-то напечатали через println, который отображается в окне вывода, и вы называете этот вывод журналом.
Если вы не используете регистратор, который явно регистрирует файл, вам не повезло. Тогда ваш вывод исчез, и вам нужно перезапустить программу. Netbeans сам по себе не сохраняет вывод нигде. Но перед повторным запуском вашей программы вы обязательно должны использовать регистратор (например, log4j2), который входит в файл.