Попробуйте использовать конструктор:
@Query("SELECT new TestPojo(tt, at.field, at.anotherField) from TableTest tt LEFT JOIN AnotherTable at ON at.commonField = tt.commonField")
List<TestPojo> findAllPojo(List<TableTestDTO> TableTestDTOList);
Конечно, такой конструктор должен существовать, и еще лучше было бы поместить полное имя вместо чистого TestPojo
.