применить функцию, которая содержит group_by в функции dplyr, к списку данных в R - PullRequest
Новая
       42

применить функцию, которая содержит group_by в функции dplyr, к списку данных в R

1 голос
/ 23 апреля 2019

У меня есть data.list примерно так: 

list(structure(list(group = c(1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 
2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L
), species = structure(c(3L, 3L, 1L, 3L, 3L, 2L, 3L, 1L, 3L, 
1L, 3L, 1L, 3L, 1L, 2L, 4L, 1L, 4L, 2L, 3L, 3L, 3L, 2L, 2L), .Label = 
c("Apiaceae", 
"Ceyperaceae", "Magnoliaceae", "Vitaceae"), class = "factor"), 
N = c(2L, 2L, 3L, 2L, 2L, 1L, 2L, 3L, 2L, 3L, 2L, 3L, 2L, 
3L, 1L, 4L, 3L, 4L, 1L, 2L, 2L, 2L, 1L, 1L)), class = "data.frame", 
row.names = c(NA, 
-24L)), structure(list(group = c(1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 
2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 
3L), species = structure(c(3L, 3L, 1L, 3L, 3L, 2L, 3L, 1L, 3L, 
1L, 3L, 1L, 3L, 1L, 2L, 4L, 1L, 4L, 2L, 3L, 3L, 3L, 2L, 2L), .Label = 
c("Apiaceae", 
"Ceyperaceae", "Magnoliaceae", "Vitaceae"), class = "factor"), 
N = c(2L, 2L, 3L, 2L, 2L, 1L, 2L, 3L, 2L, 3L, 2L, 3L, 2L, 
3L, 1L, 4L, 3L, 4L, 1L, 2L, 2L, 2L, 1L, 1L)), class = "data.frame", 
row.names = c(NA, 
-24L)))

Я хочу применить my.fun, который был написан в пакете dplyr, к этому списку данных.Сначала я сгруппировал данные по «группе» и получил вывод функции, которая уже есть в R, а затем применил эту функцию к списку данных.Но вывод равен 0. вывода нет.Можете ли вы помочь мне выяснить ошибку?

 my.fun <- function(x, y){
    group_by(x, !!as.name(group)) %>%
    mutate(out = diversity(N, "shannon")) 
 }

check <- lapply(colnames(list), function(x) {
  my.fun(x$group, x$N)
})

Большое спасибо!

1 Ответ

2 голосов
/ 23 апреля 2019

Предполагая, что мы передаем групповой столбец и столбец, к которому diversity применяется как строки, 

library(tidyverse)
library(vegan)
my.fun <- function(data, grpCol, divCol) {
       data %>% 
           group_by_at(grpCol) %>%
           mutate(out = diversity(!! rlang::sym(divCol), "shannon"))
           #or use mutate_at
           # mutate_at(vars(divCol), list(out = ~ diversity(., "shannon")))
    }

map(lst1, my.fun, grpCol = "group", divCol = "N")
#[[1]]
# A tibble: 24 x 4
# Groups:   group [3]
#   group species          N   out
#   <int> <fct>        <int> <dbl>
# 1     1 Magnoliaceae     2  1.75
# 2     1 Magnoliaceae     2  1.75
# 3     1 Apiaceae         3  1.75
# 4     1 Magnoliaceae     2  1.75
# 5     1 Magnoliaceae     2  1.75
# 6     1 Ceyperaceae      1  1.75
# 7     2 Magnoliaceae     2  2.06
# 8     2 Apiaceae         3  2.06
# 9     2 Magnoliaceae     2  2.06
#10     2 Apiaceae         3  2.06
# … with 14 more rows

#[[2]]
# A tibble: 24 x 4
# Groups:   group [3]
#   group species          N   out
#   <int> <fct>        <int> <dbl>
# 1     1 Magnoliaceae     2  1.75
# 2     1 Magnoliaceae     2  1.75
# 3     1 Apiaceae         3  1.75
# 4     1 Magnoliaceae     2  1.75
# 5     1 Magnoliaceae     2  1.75
# 6     1 Ceyperaceae      1  1.75
# 7     2 Magnoliaceae     2  2.06
# 8     2 Apiaceae         3  2.06
# 9     2 Magnoliaceae     2  2.06
#10     2 Apiaceae         3  2.06
# … with 14 more rows

Обратите внимание, что 

identical(lst1[[1]], lst1[[2]])
#[1] TRUE
...