Git для Windows поставляется с некоторыми помощниками по учетным данным, которые более функциональны, чем стандартные. Если вы попытались нажать и получили графическое всплывающее окно с запросом вашего имени пользователя и пароля GitHub (и, возможно, учетных данных 2FA), этот помощник по учетным данным получил от вашего имени личный токен доступа и сохранил его в хранилище учетных данных.
Стандартные помощники по учетным данным вместо этого запрашивают у вас имя пользователя и пароль и требуют, чтобы вы указали токен в качестве пароля (или, если вы не используете 2FA, ваш настоящий пароль).