Я знаю, что этот вопрос старый, но я попал сюда с той же проблемой и не смог найти решение здесь. Итак ...
У меня была похожая проблема (но в Ubuntu), и после некоторого google-fu мне сказали, что:
Это относится к старым версиям Calibre. Теперь вся логика преобразования
относится к "ebook-convert".
И, по крайней мере, в Ubuntu, ebook-convert находится на пути.
Надеюсь, я смогу кому-нибудь помочь.