Делая множество предположений, вы можете просто захотеть:
awk 'NF==6{ print; next} {getline x; $0 = $0 x } 1' FS=\| input
, который можно немного упростить до:
awk 'NF < 6 {getline x; $0 = $0 x } 1' FS=\| input
Или (если вы хотите объединить более двух последовательных строк)
awk '{while(NF < 6) {getline x; $0 = $0 x }} 1' FS=\| input
Это довольно хрупкие решения. Читатель должен быть предупрежден.