Вы можете добавить в Ресурсы практически все, включая (текстовые) файлы. Они будут встроены в ваш EXE. Вы можете обращаться к файловым ресурсам как byte [] и читать их, используя MemoryStream.
Я так понимаю, что под «Настройки приложения» вы подразумеваете настройки в области приложения, например, только для чтения. Если вы хотите писать из своего приложения, для этого потребуется отформатировать байтовый поток с кодировкой U64 или чем-то еще, обычно делая его вдвое больше.