Ваше условие IF (application_type == 1) фактически возвращает либо TRUE, либо FALSE, равное 1 ИЛИ 0. Теперь, если вы примените COUNT к столбцу, содержащему 1 ИЛИ 0, он всегда вернет вам общее количество ROW таблицы , Так что вам нужно настроить свой запрос. В любом случае, я думаю, что использование SUM вместо COUNT послужит вашей цели -
SELECT SUM(IF( application_type = 1)) AS total from table_1