Не существует такой вещи, как «два запроса в одном запросе». Всегда есть два запроса . и нет ни одной причины запускать их за один вызов. поэтому просто перепишите ваш запрос к двум подготовленным операторам
$sql = "INSERT INTO perbaikan SET id_perbaikan = '',idrusakbaik = ?,komenrusak = ?,tglbaik = ?";
$stmt = $conn->prepare($sql);
$stmt->bind_param("sss", $id, $_POST['komenrusak'],$tgl_sekarang);
$stmt->execute();
$sql = "UPDATE kerusakan SET status = ? WHERE id_kerusakan = ?");
$stmt = $conn->prepare($sql);
$stmt->bind_param("ss", $_POST['status'], $id);
$stmt->execute();