Вы можете получить ссылку на все ваши дочерние окна, используя метод getWindows () класса Window.
public static Window[] getWindows()
Returns an array of all Windows, both owned and ownerless, created by this application. If called from an applet, the array includes only the Windows accessible by that applet.
Будьте осторожны, так как я подозреваю, что одно из возвращенных окон будет вашим фреймом / окном верхнего уровня. Вы можете проверить атрибуты окна, такие как заголовок, чтобы определить, какой диалог вы хотите закрыть.
Существуют также более конкретные версии: getOwnedWindows () и getOwnerlessWindows () в зависимости от ваших потребностей.