Это действительно просто - не используйте конструктор форм, чтобы добавить свой компонент в Winform. Вместо этого вручную добавьте переменную-член нужного вам типа компонента в файл базового кода (.cs) и обработайте его непосредственно в коде.
Добавлено в ответ на ваш комментарий
Насколько мне известно, нет способа избежать такого поведения для компонентов, размещенных во время разработки. Вы можете удалить ссылки из метода инициализации компонентов, но это может быть перезаписано разработчиком в какой-то момент.
Принимая во внимание ваш комментарий ниже, я хотел бы предложить, чтобы у вас была переменная-член в форме (как предложено выше), а затем установить ее для ссылки на компонент времени разработки, если переменная времени выполнения равна нулю, или переменная времени выполнения, если это не так.
1011 * т.е. *
CSomeComponentType liveComponent;
...
this.liveComponent = runtimeVariable;
if(this.liveComponent == null)
{
this.liveComponent = this.designTimeComponent;
}