Я не верю, что у вас есть контроль над тем, где PYTHONPATH вставляется в список фактических путей. Но это не единственный способ изменить путь - вы можете самостоятельно обновить sys.path, прежде чем пытаться импортировать проект.
Редактировать: В вашем конкретном случае вы можете изменить путь с помощью
import sys
sys.path.insert(2, '/home/me/dev/project/src')