Это будет во многом зависеть от ваших потребностей. Для встроенной системы я бы выбрал любой дистрибутив , который занимает очень мало места и поддерживает необходимое оборудование.
В зависимости от вашего оборудования, Debian может работать нормально. Вы можете создать свой образ с помощью debootstrap , который допускает довольно небольшие индивидуальные установки. Он по-прежнему включает в себя apt и другие вещи, которые могут быть нежелательны, хотя это может быть полезно для вас, если вам нужно выпустить обновления.
Если вы работали с Debian, вы, скорее всего, могли бы выполнить всю свою разработку в Ubuntu, а затем перейти на встроенную систему.