Немного потрудившись, я нашел способ.
Для каждой страницы файла необходимо было определить в функции read_pdf в tabula область таблицы и границы столбцов.
Вот рабочий код
import PyPDF2
from tabula import read_pdf
# Get the number of pages in the file
pdfFileObj = open(pdf_file, 'rb')
pdfReader = PyPDF2.PdfFileReader(pdfFileObj)
n_pages = pdfReader.getNumPages()
# For each page the table can be read with the following code
table_pdf = read_pdf(pdf_file, guess=False, pages = 1, stream=True , encoding="utf-8", area = (96,24,558,750), columns = (24,127,220,274,298,325,343,364,459,545,591,748))