Первое, на что я бы посмотрел: работают ли они точно той же версии .NET? Если ваш сервер работает под управлением 2.0 SP1, а ваш devenv - VS2008 SP1 (то есть .NET 3.5 SP1), то они не 100% одинаковы, и могут быть небольшие различия даже при использовании только dll 2.0 (то есть вещей, которые были исправлены / изменены в пакетах обновления).
Второе, на что я бы посмотрел: они обрабатывают одни и те же входные данные?
Третье, на что я бы посмотрел, это "культура"; Ваш компьютер установлен на французский, а ваш сервер на русский? (или что-то). Маловероятно в этом случае, но в случае general разные культуры и кодировки / кодировки по умолчанию могут иметь значение.