почему мой первый столбец станет столбцом 0 в кадре данных?

Question

мой входной файл с 8 столбцами.У меня 38 файл хочу слить вместе.входной файл: AAA.out

             pos     gpos         p1        ihh1        p2        ihh2  xpehh
 9.1022217  1022217 1.02222e+06 0.138333    901220  0.0738636   572286  0.454111  

 9.1024910  1024910 1.02491e+06 0.138333    900853  0.0738636   572286  0.453703  

 9.1041353  1041353 1.04135e+06 0.246667    852186  0.0738636   573584  0.3959  

 9.1070162  1070162 1.07016e+06 0.113333    870718  0   583622  0.400065    

BBB.out

             pos      gpos          p1       ihh1       p2      ihh2    xpehh
  8.1135641 1135641 1.13564e+06 0.368333    639953  0.352273    512804  0.2215  
  8.1152035 1152035 1.15204e+06 0.00333333  651548  0   540213  0.187389
  8.1158202 1158202 1.1582e+06  0.358333    646188  0   540213  0.179129
  8.1178735 1178735 1.17874e+06 0.01    654438  0.409091    486335  0.29688
  8.1193344 1193344 1.19334e+06 0   651573  0   497049  0.270699
  8.1230464 1230464 1.23046e+06 0.373333    631599  0.505682    482294  0.269701  

Я пытаюсь объединить их с помощью

files <- list.files(pattern = "*.*.out", full.names = TRUE, recursive = FALSE)  
#make a list of all out.files
uridata <- data.frame()
#go through each file, one by one, and add it to the 'uridata' df,   above  
big_list_of_data_frames <- lapply(files, read.table, skip = FALSE,header = TRUE, stringsAsFactors = FALSE)  
big_data_frame <- do.call(rbind,big_list_of_data_frames)
new_fram <- big_data_frame [,c(1,7)]  

the dput:  
structure(list(pos = c(1022217L, 1024910L, 1041353L, 1070162L, 
1089884L), gpos = c(1022220, 1024910, 1041350, 1070160, 1089880
), p1 = c(0.138333, 0.138333, 0.246667, 0.113333, 0.113333), 
    ihh1 = c(901220L, 900853L, 852186L, 870718L, 870014L), p2 =      c(0.0738636, 
0.0738636, 0.0738636, 0, 0), ihh2 = c(572286L, 572286L, 573584L, 
583622L, 583435L), xpehh = c(0.454111, 0.453703, 0.3959, 
0.400065, 0.399577)), class = "data.frame", row.names = c("9.1022217", 
"9.1024910", "9.1041353", "9.1070162", "9.1089884"))   

Я надеюсь, что мой выходной файл в CSV

    ID             XPEHH  
    9.1022217     0.454111  
    9.1024910     0.453703
    9.1041353     0.3959 
    .
    .
    .
    8.1135641     0.2215

Однако я не знаю, почему первый столбец во входном файле станет столбцом 0 в big_data_fram?

Можете ли вы дать какие-либо предложения?

Answer 1

Вы очень хорошо подходите к объединению файлов. Ваша проблема заключается в том, как вы читаете файлы с read.table, так как read.table предполагает, что если имя первого столбца отсутствует, первый столбец - это имена строк. Смотрите здесь:

> read.table(text=BBB, header=TRUE)
              pos    gpos         p1   ihh1       p2   ihh2    xpehh
8.1135641 1135641 1135640 0.36833300 639953 0.352273 512804 0.221500
8.1152035 1152035 1152040 0.00333333 651548 0.000000 540213 0.187389
8.1158202 1158202 1158200 0.35833300 646188 0.000000 540213 0.179129
8.1178735 1178735 1178740 0.01000000 654438 0.409091 486335 0.296880
8.1193344 1193344 1193340 0.00000000 651573 0.000000 497049 0.270699
8.1230464 1230464 1230460 0.37333300 631599 0.505682 482294 0.269701
> rownames(read.table(text=BBB, header=TRUE))
[1] "8.1135641" "8.1152035" "8.1158202" "8.1178735" "8.1193344" "8.1230464"

Ааа, посмотрите на ?read.table об аргументе row.names. TLDR; отключите его, установив его в NULL.

> read.table(text=BBB, row.names = NULL, header=TRUE)
  row.names     pos    gpos         p1   ihh1       p2   ihh2    xpehh
1 8.1135641 1135641 1135640 0.36833300 639953 0.352273 512804 0.221500
2 8.1152035 1152035 1152040 0.00333333 651548 0.000000 540213 0.187389
3 8.1158202 1158202 1158200 0.35833300 646188 0.000000 540213 0.179129
4 8.1178735 1178735 1178740 0.01000000 654438 0.409091 486335 0.296880
5 8.1193344 1193344 1193340 0.00000000 651573 0.000000 497049 0.270699
6 8.1230464 1230464 1230460 0.37333300 631599 0.505682 482294 0.269701
> rownames(read.table(text=BBB, row.names = NULL, header=TRUE))
[1] "1" "2" "3" "4" "5" "6"

Здесь вы можете видеть, что первый столбец обычно называется "row.names". Если имена столбцов фиксированы заранее, вы можете просто указать вектор имен с аргументом col.names, чтобы указать имена для первого столбца.

Для этих примеров я прочитал содержимое файла из строки в переменной BBB, используя аргумент text; вам придется заменить это аргументом файла и именем файла.