Перейдите к General » Web » Session Cookie Management и поиграйтесь с настройками cookie и каждым из ваших просмотров магазина.
Если представление магазина находится в пути, измените настройку path на путь представления магазина.Если он находится в поддомене, измените настройку домена cookie на поддомен представления магазина.