Вы должны обрабатывать это так же, как другие обновления обрабатываются для многих различных частей программного обеспечения.Например, большая часть программного обеспечения поставляется в виде пакета основных файлов и папок.Когда пользователь устанавливает программное обеспечение, на машине для этой установки создается отдельная папка, которая содержит всю информацию, относящуюся к пользователю (или, в вашем случае, к сайту).Когда будет выпущено обновление, сценарий установки заменит основные файлы на недавно обновленные и оставит пользовательские файлы без изменений.
Это, конечно, будет очень легко выполнить или будет очень сложно в зависимости откак ваша CMS построена и как ваши пользователи используют программное обеспечение.Если пользователи настраивают (или «взламывают») ваши основные файлы - они теряют все эти настройки при применении обновления.
Я предлагаю вам обратиться к установщикам или инструментам пакета программ, чтобы помочь выпустить обновления для ваших пользователей.,InstallShield это тот, который приходит на ум.Удачи!