Не очень полезно.
Вы можете
RUN rm <dest>
и файлы не будут отображаться при запуске образа. Однако, если вы сделаете это, Docker сохранит базовый образ (неизмененный, на самом деле просто указатель на этот образ) плюс данные «удалить эти записи каталога»; результирующее изображение не будет меньше, если вы раздвинете его отдельно от базового изображения. Вы можете увидеть это и в docker history
.