Я так не думаю. Команда commit из Subclipse, кажется, выполняет коммит (рекурсивно) в текущем выделении. Таким образом, вам нужно выбрать корневую папку для фиксации всех ваших файлов.
Обратите внимание, что множество команд работает с текущим выбором.
Вы пытались нажать Ctrl + K, когда, например, выбран каталог без информации .svn?