Похоже, проблема связана с версией Ubuntu и установленным уровнем MySQL. Поскольку базовый контейнер работает под управлением Ubuntu 14.04, при установке MySQL вы получаете версию 5.5, в которой не поставляется необходимая конфигурация для pkg-config, чтобы найти пути включения, необходимые для сборки вашего приложения.
Мне удалось получить простое приложение Kitura, которое использует SwiftKueryMySQL для сборки под Docker, обновив мой файл инструментов Dockerfile с двумя изменениями:
1) Обновить ОТ:
FROM swift:5.0.1
2) Добавьте необходимые пакеты:
# Install system level packages
RUN apt-get update && apt-get install -y sudo libcurl4-openssl-dev openssl libssl-dev pkg-config libmysqlclient-dev
С этими обновлениями ваша сборка должна быть успешной. Я рассмотрю более долгосрочное решение проблемы.