Вы можете использовать SSH с аутентификацией по ключу для запуска команды без необходимости ввода или сохранения пароля в вашем приложении. Вы должны включить аутентификацию ключа на SSH-сервере Linux (следуйте инструкциям здесь , чтобы создать и сохранить ключ в соответствующем месте на сервере), а затем вы можете запустить
plink -i <key_location> user@machine "command"
в вашем приложении через Process.Start ()
plink - утилита командной строки, поставляемая в комплекте с PuTTY.
РЕДАКТИРОВАТЬ: Если вы не хотите PKI (что может быть не очень хорошая идея, но вы знаете свою среду), вы можете настроить rsh-сервер в окне linux и отправить команду через rsh ( Cygwin's rsh может лучше работать с Linux-блоками)