Это не каталог, это подмодуль. Или, по крайней мере, GitHub, кажется, так думает.
Как выглядит ваш файл .gitmodules
? Возможно, вы забыли запустить git submodule init
и git submodule update
?
Подмодули могут быть немного хитрыми, особенно когда вы конвертируете из каталога в подмодуль или обратно.