Предполагая, что все перечисленные ниже функции поддерживаются этой библиотекой, вы должны иметь возможность выполнить следующее, которое отбросит связь между V (1) и V (2) при добавлении ребра между V (1) и V (6).
Обратился к смежному вопросу, чтобы сформулировать его, который можно найти здесь
Для вашего случая: A = 1, B = 2, C = 6
gremlin> graph = TinkerFactory.createModern()
==>tinkergraph[vertices:6 edges:6]
gremlin> g = graph.traversal()
==>graphtraversalsource[tinkergraph[vertices:6 edges:6], standard]
gremlin> g.E()
==>e[7][1-knows->2]
==>e[8][1-knows->4]
==>e[9][1-created->3]
==>e[10][4-created->5]
==>e[11][4-created->3]
==>e[12][6-created->3]
gremlin> g.V(1).as('A').bothE().where(otherV().hasId(2)).as('drop').addE('IS').from('A').to(V(6)).select('drop').drop()
gremlin> g.E()
==>e[8][1-knows->4]
==>e[9][1-created->3]
==>e[10][4-created->5]
==>e[11][4-created->3]
==>e[12][6-created->3]
==>e[13][1-IS->6]