gdal_sieve.py не поддерживает удаление объектов выше порогового размера.Однако кажется, что желаемый результат может быть достигнут путем просеивания объектов ниже вашего порога и последующего вычисления разницы между входным и просеянным изображениями:
gdal_sieve.py -st <<threshold>> input.tif sieved.tif
gdal_calc.py -A input.tif -B sieved.tif --calc="A ^ B" --outfile=output.tif