Будет ли работать регулярное выражение?
Модуль re python может помочь вам в этом.но что-то вроде
import re
#searches for a word boundary, two characters and another boundary.
#replaces it by <firstchar><space><seconchar>
#for every occurence in the contentsoffile.
re.sub(r"\b(.)(.)\b",r"\1 \2",contentsoffile)
вы можете прочитать файл простым
with open("myfile.something","r") as f:
contentsoffile = f.read()