Извлечение заголовков dicom в R - PullRequest
Новая
       12

Извлечение заголовков dicom в R

1 голос
/ 30 июня 2019

Я пытаюсь использовать этот набор данных здесь

https://mri.radiology.uiowa.edu/VHDicom/VHMCT1mm/VHMCT1mm_Head.tar.gz

для проверки пакета oro.dicom в R.

Я пробую код 

dcmImages <- readDICOM("C:\\Users\\Host\\Documents\\SCANS\\Head", verbose = TRUE,
                       recursive = TRUE)

затем я опробую extractHeader функцию, подобную этой 

extractHeader(dcmImages$hdr, string="InstitutionName")

и я получаю кучу NA. Тем не менее, я отчетливо вижу, когда я запускаю 

dcmImages$hdr

Я вижу в консоли, что название учреждения занесено в Национальную библиотеку медицины. Что вызывает несоответствие?

Обновление: в конце концов ответ ниже начал работать, но раньше это не было, и я не уверен, почему. Я на Windows 10 OS, и я обновил R с 3.5.3 до 3.6, а затем он начал работать, но эта ошибка, которая говорит, что signed = FALSE' is only valid for integers of sizes 1 and 2' сохраняется при запуске функции readDICOM. Тем не менее, теперь у меня есть вывод из заголовков вместо NA s

1 Ответ

1 голос
/ 30 июня 2019

Попробуйте: 

library(oro.dicom)
dcmImages <- readDICOM("/<my path>/Head", verbose = TRUE, recursive = TRUE)
extractHeader(dcmImages$hdr, string="InstitutionName", numeric=FALSE)

(Числовое значение по умолчанию - ИСТИНА, а значения преобразуются в числа, когда ИСТИНА.) 

R> extractHeader(dcmImages$hdr, string="InstitutionName", numeric=FALSE)
  [1] "National Library of Medicine" "National Library of Medicine" "National Library of Medicine"
  [4] "National Library of Medicine" "National Library of Medicine" "National Library of Medicine"
  [7] "National Library of Medicine" "National Library of Medicine" "National Library of Medicine"
 [10] "National Library of Medicine" "National Library of Medicine" "National Library of Medicine"
...