Зачем вам нужно собрать его для .NET 1.1? Почему бы просто не установить .NET Framework 2.0 в системах .NET 1.1 и запустить версию .NET 2.0?
Вы и ваш клиент действительно понимаете, сколько лет .NET 1.1? Поставляется с Visual Studio 2003 . Visual Studio 2010 бета только что вышла. 2003-2010 годы = очень много времени с точки зрения компьютерной индустрии.
Две платформы хорошо работают при установке в одной системе. Единственное, о чем я должен быть осторожен, это о том, что любая из систем .NET 1.1 работает под управлением ASP.NET. Если это так, то после установки .NET 2.0 вы захотите запустить версию aspnet_regiis .NET 1.1 во всех веб-приложениях .NET 1.1. Установка .NET 2.0 обновляет сопоставления сценариев до 2.0, и это работает не для всех веб-приложений.