Мне удалось решить эту проблему самостоятельно :).
Не все, что у меня было, но эта конкретная проблема была исправлена открытием файла в текстовом редакторе, где отображалась ошибка, и я просто удалил org.animb.valuation.valBase из eventb.core.configuration какпоказано ниже:
Ранее:
<org.eventb.core.contextFile org.eventb.core.configuration="org.eventb.core.fwd;org.animb.valuation.valBase;de.prob.symbolic.ctxBase;de.prob.units.mchBase" version="3">
Позже:
<org.eventb.core.contextFile org.eventb.core.configuration="org.eventb.core.fwd;de.prob.symbolic.ctxBase;de.prob.units.mchBase" version="3">
Это решило мою проблему.Больше ошибок нет :)