Я искал решения для расчета расстояния между точками отбора проб и устьем / устьем реки, следующим за линией реки. Похоже, «Ривердист» мог решить все мои проблемы, но у меня проблемы с самого начала. Я работаю на национальном уровне (Южная Африка), но сначала пытаюсь использовать отдельные водосборы, поскольку речные системы довольно большие и сложные.
Что я сделал:
- Я сделал файл river shp максимально простым и удалил все притоки, которые не нужны
- Используется прогнозируемый CRS
- Пытался загрузить его с помощью "line2network"
> library(riverdist)
> limpopo <- line2network(path = "/Volumes/Shadowfax/Distribution/simple rivers/Limpopo.shp", layer="Limpopo", tolerance = 100, reproject = NULL,
+ supplyprojection = NULL)
Это сообщение об ошибке, которое я получаю:
Ошибка в тримвере (триммер = проблемы, реки = реки):
Ошибка - полученная речная сеть не имеет оставшихся отрезков
Мой файл shp выглядит для меня совершенно нормально.
Думаю, я что-то не так делаю при редактировании моего shp или при сохранении, но я не знаю что. Вот проблеск shp:
Limpopo.shp
Я должен добавить, что я в значительной степени неопытен с R или любым видом кодирования. Это мой первый выход на "Ривердист".
Надеюсь, я смогу найти помощь здесь! Спасибо!
[EDIT] Используется ответ MM. Но у меня все еще есть проблема. Сегменты реки не считаются последовательными (если это имеет смысл), и в дальнейшем у меня возникают проблемы при расчете расстояния между точками и устьем реки. Я также пытался сделать shp еще более простым в QGI перед тем, как делать это.
library(riverdist)
# Create your custom function to read the file.
# Examine the line2network function and modify the lines that cause an issue with your specific shape file
my.custom.line2network = function (path = ".", layer, tolerance = 100, reproject = NULL, supplyprojection = NULL) {
sp <- suppressWarnings(rgdal::readOGR(dsn = path, layer = layer, verbose = F))
if (class(sp) != "SpatialLinesDataFrame")
stop("Specified shapefile is not a linear feature.")
if (is.na(sp@proj4string@projargs) & !is.null(supplyprojection))
sp@proj4string@projargs <- supplyprojection
if (is.na(sp@proj4string@projargs))
stop("Shapefile projection information is missing. Use supplyprojection= to specify a Proj.4 projection to use. If the input shapefile is in WGS84 geographic (long-lat) coordinates, this will be +proj=longlat +datum=WGS84 +no_defs +ellps=WGS84 +towgs84=0,0,0 (in double-quotes). If so, it must also be reprojected using reproject=.")
proj4 <- strsplit(sp@proj4string@projargs, split = " ")
projected <- sp::is.projected(sp)
if (is.null(reproject) & !projected)
stop("Distances can only be computed from a projected coordinate system. Use reproject= to specify a Proj.4 projection to use.")
if (!is.null(reproject)) {
sp <- sp::spTransform(sp, sp::CRS(reproject))
proj4 <- strsplit(sp@proj4string@projargs, split = " ")
}
units <- "unknown"
for (i in 1:length(proj4[[1]])) {
if (proj4[[1]][i] != "") {
proj4arg <- strsplit(proj4[[1]][i], split = "=")
if (proj4arg[[1]][1] == "+units") {
units <- proj4arg[[1]][2]
cat("\n", "Units:", proj4arg[[1]][2], "\n")
}
}
}
if (length(sp@lines) > 1) {
sp_line <- NA
sp_seg <- NA
lines <- list()
j <- 1
for (i in 1:length(sp@lines)) {
for (k in 1:length(sp@lines[i][[1]]@Lines)) {
lines[[j]] <- sp@lines[i][[1]]@Lines[[k]]@coords
sp_line[j] <- i
sp_seg[j] <- k
j <- j + 1
}
}
}
if (length(sp@lines) == 1) {
lines <- sp@lines[1][[1]]@Lines
length <- length(lines)
lines.new <- list()
for (i in 1:length) {
lines.new[[i]] <- lines[[i]]@coords
}
lines <- lines.new
sp_line <- rep(1, length)
sp_seg <- 1:length
}
length <- length(lines)
rivID <- 1:length
lineID <- data.frame(rivID, sp_line, sp_seg)
connections <- calculateconnections(lines = lines, tolerance = tolerance)
if (any(connections %in% 5:6))
braided <- TRUE
lengths <- rep(NA, length)
for (i in 1:length) {
lengths[i] <- pdisttot(lines[[i]])
}
names <- rep(NA, length)
mouth.seg <- NA
mouth.vert <- NA
mouth <- list(mouth.seg, mouth.vert)
names(mouth) <- c("mouth.seg", "mouth.vert")
sequenced <- FALSE
braided <- NA
cumuldist <- list()
for (i in 1:length) {
xy <- lines[[i]]
n <- dim(xy)[1]
cumuldist[[i]] <- c(0, cumsum(sqrt(((xy[1:(n - 1), 1] -
xy[2:n, 1])^2) + ((xy[1:(n - 1), 2] - xy[2:n, 2])^2))))
}
out.names <- c("sp", "lineID", "lines", "connections", "lengths",
"names", "mouth", "sequenced", "tolerance", "units",
"braided", "cumuldist")
out <- list(sp, lineID, lines, connections, lengths, names,
mouth, sequenced, tolerance, units, braided, cumuldist)
names(out) <- out.names
class(out) <- "rivernetwork"
length1 <- length(out$lengths)
suppressMessages(out <- removeduplicates(out))
length2 <- length(out$lengths)
if (length2 < length1)
cat("\n", "Removed", length1 - length2, "duplicate segments.", "\n")
# THIS LINE CAUSES ISSUES COMENT IT OUT
# THIS LINE CAUSES ISSUES COMENT IT OUT
# suppressMessages(out <- removemicrosegs(out))
length3 <- length(out$lengths)
if (length3 < length2)
cat("\n", "Removed", length2 - length3, "segments with lengths shorter than the connectivity tolerance.", "\n")
return(out)
}
limpopo <- my.custom.line2network(path = "/Volumes/Shadowfax/Distribution/simple rivers/Limpopo.shp",
layer = "Limpopo",
tolerance = 100,
reproject = NULL,
supplyprojection = NULL)
#displaying
plot(limpopo)
#Convert XY to river location
library(readxl)
limpopo_eel <- read_excel("/Volumes/Shadowfax/Distribution/Eel_data/limpopo_eel.xlsx")
View(limpopo_eel)
Limpopo_eel_riv <- xy2segvert(x=limpopo_eel$X, y=limpopo_eel$Y, rivers=limpopo)
hist(Limpopo_eel_riv$snapdist, main="snapping distance (m)")
#displaying point data in river location
zoomtoseg(seg=c(4,3), rivers=limpopo)
points(limpopo_eel$X, limpopo_eel$Y, pch=16, col="red")
riverpoints(seg=Limpopo_eel_riv$seg, vert=Limpopo_eel_riv$vert, rivers=limpopo, pch=15,
col="blue")
#Computing a a matrix between all observations
dmat <- riverdistancemat(Limpopo_eel_riv$seg,Limpopo_eel_riv$vert,limpopo)
# starting location: segment 5, vertex 93
# ending location: segment 4, vertex 2420
detectroute(start=4, end=4, rivers=limpopo)
riverdistance(startseg=4, startvert=93, endseg=4, endvert=2420, rivers=limpopo, map=TRUE)
nter code here
И получаю это Erro riverdist при расчете расстояния