msbuild 15 теперь доступен в Azure, однако по умолчанию не требуется добавлять пользовательский сценарий развертывания для переопределения логики обнаружения проекта Kudu.
Как описано watashiSHUN , можно добавить что-нибудьвот так:
nuget restore "%DEPLOYMENT_SOURCE%\{SolutionPath}"
"%MSBUILD_PATH%" {MSBuildArguments}
А вот шаблон и проблема в github.