У вас есть ваши фоновые файлы и файлы переднего плана в другом?
Переместите все ваши файлы в вашей ветке переднего плана в каталог 'front-end', а все ваши файлы в вашей внутренней ветке в каталог 'back-end'. Теперь вы можете просто объединить ветви.
Если есть какие-либо файлы, которые совместно используются двумя ветвями, вы получите конфликт слияния, который вам нужно будет разрешить вручную. Вам нужно решить, должен ли файл дублироваться в обоих каталогах, существовать только в одном или быть перемещен обратно в корень.