Чтение и восстановление симметричной матрицы с помощью R - PullRequest
Новая
       33

Чтение и восстановление симметричной матрицы с помощью R

0 голосов
/ 03 июня 2019

Мне нужно прочитать следующую матрицу из файла.Это симметричная корреляционная матрица, поэтому половина ее опущена. 

  1.00  
  0.49  1.00  
  0.53  0.57  1.00  
  0.49  0.46  0.48  1.00  
  0.51  0.53  0.57  0.57  1.00  
  0.33  0.30  0.31  0.24  0.38  1.00  
  0.32  0.21  0.23  0.22  0.32  0.43  1.00  
  0.20  0.16  0.14  0.12  0.17  0.27  0.33  1.00  
  0.19  0.08  0.07  0.19  0.23  0.24  0.26  0.25  1.00  
  0.30  0.27  0.24  0.21  0.32  0.34  0.54  0.46  0.28  1.00  
  0.37  0.35  0.37  0.29  0.36  0.37  0.32  0.29  0.30  0.35  1.00  
  0.21  0.20  0.18  0.16  0.27  0.40  0.58  0.45  0.27  0.59  0.31  1.00

В настоящее время я использую 

data1 <- na.omit(as.vector(t(read.table('triangle-data.txt', fill = TRUE))))
pt <- 12
R <- matrix(0, nrow = pt , ncol = pt)
for(i in 1:pt){
  R[i, 1:i] <- data1[(i*(i-1)/2 + 1): (i*(i+1)/2)]
}
R <- R + t(R) - diag(rep(1, pt))
R

Результат равен 

> dput(R)
structure(c(1, 0.49, 0.53, 0.49, 0.51, 0.33, 0.32, 0.2, 0.19, 
0.3, 0.37, 0.21, 0.49, 1, 0.57, 0.46, 0.53, 0.3, 0.21, 0.16, 
0.08, 0.27, 0.35, 0.2, 0.53, 0.57, 1, 0.48, 0.57, 0.31, 0.23, 
0.14, 0.07, 0.24, 0.37, 0.18, 0.49, 0.46, 0.48, 1, 0.57, 0.24, 
0.22, 0.12, 0.19, 0.21, 0.29, 0.16, 0.51, 0.53, 0.57, 0.57, 1, 
0.38, 0.32, 0.17, 0.23, 0.32, 0.36, 0.27, 0.33, 0.3, 0.31, 0.24, 
0.38, 1, 0.43, 0.27, 0.24, 0.34, 0.37, 0.4, 0.32, 0.21, 0.23, 
0.22, 0.32, 0.43, 1, 0.33, 0.26, 0.54, 0.32, 0.58, 0.2, 0.16, 
0.14, 0.12, 0.17, 0.27, 0.33, 1, 0.25, 0.46, 0.29, 0.45, 0.19, 
0.08, 0.07, 0.19, 0.23, 0.24, 0.26, 0.25, 1, 0.28, 0.3, 0.27, 
0.3, 0.27, 0.24, 0.21, 0.32, 0.34, 0.54, 0.46, 0.28, 1, 0.35, 
0.59, 0.37, 0.35, 0.37, 0.29, 0.36, 0.37, 0.32, 0.29, 0.3, 0.35, 
1, 0.31, 0.21, 0.2, 0.18, 0.16, 0.27, 0.4, 0.58, 0.45, 0.27, 
0.59, 0.31, 1), .Dim = c(12L, 12L))

Это слишком громоздко, и мне нужно жестко закодировать его размер.Есть ли более удобный способ?

1 Ответ

1 голос
/ 03 июня 2019

Я использовал комбинацию readLines и strsplit, чтобы прочитать файл 

a <- sapply(sapply(lapply(readLines("triangle.txt"), 
                          function(x) strsplit(x, " ")), "[", 1), 
            function(x) na.omit(as.numeric(x)))

и rbind, чтобы привести его к квадратной матрице 

A <- do.call("rbind", a)

Несмотря напредупреждение, нижняя часть матрицы правильно читается из файла, но верхняя часть все испорчена, что я исправил с помощью небольшого подвоха 

A[upper.tri(A)] <- 0
A <- A + t(A) - diag(nrow(A))

РЕДАКТИРОВАТЬ

Еще одно более простое решение на основе вектора коэффициентов: 

data1 <- na.omit(as.vector(t(read.table('triangle.txt', fill = TRUE))))
n <- Re(polyroot(c(-length(data1), 1/2, 1/2)))[1]
A <- matrix(0, n, n)
A[upper.tri(A, diag = T)] <- data1
A <- A + t(A) - diag(n)
...