Взятие трассировки стека любого потока (даже одного) приводит все точки к безопасной точке. Вы можете увидеть это с
Печатается каждый раз, когда JVM останавливается по любой причине (не только GC)
-XX:+PrintGCApplicationStoppedTime
Печатает статистику, включая причину остановки.
-XX:+PrintSafepointStatistics -XX:PrintSafepointStatisticsCount=1
Существует план ввести остановку, специфичную для потока, однако jstack
необходимо указать точку для каждого потока.