Нет, аннотация не имеет никакого поведенческого эффекта: при использовании @BindsInstance экземпляр, возвращаемый привязкой, всегда будет одинаковым с аннотацией области действия или без нее.
Однако Dagger все еще может проверитьчто привязка, помеченная аннотацией области, правильно установлена в соответствующем компоненте, то есть в компоненте, который она сама пометила такой же аннотацией области.