После просмотра документации Microsoft и Octopus мне удалось заставить ее работать. Octopus хранит сертификат как строку в кодировке base64 в переменной с именем Cert.Pfx, а конструктор X509Certificate2 принимает байтовый массив в качестве первого параметра. Поэтому в качестве первого шага мне просто нужно было преобразовать строку в кодировке base64 в байтовый массив.
$certbytearray=[System.Convert]::FromBase64String($OctopusParameters["Cert.Pfx"])
$CertPassKey="password"
$cert = New-Object System.Security.Cryptography.X509Certificates.X509Certificate2($certbytearray,$CertPassKey)