Если вы можете сохранить все 500 в памяти одновременно, то полезно хранить их в словаре.Затем вы можете найти пересечение всех дат, а затем сохранить подмножества:
import pandas as pd
from functools import reduce
d = dict((file, pd.read_csv(file)) for file in [your_list_of_files])
date_com = reduce(lambda l,r: l & r [set(df.Date) for _,df in d.items()])
for file,df in d.items():
df[df.Date.isin(date_com)].to_csv(f'adjusted_{file}')